A la suite de l'invasion du comté de Razès par les armées de Simon de Montfort, tous les châteaux et les villages appartenant au seigneur de Termes furent mis en état de défense. Après s'être emparés à la longue et malgré la plus vive résistance du château de Termes, les Croisés attaquèrent Arques et s'en rendirent les maîtres. Le château fut complètement détruit. Le bourg eut le même sort. Un document authentique nous apprend que les maisons furent incendiées et démolies. L'église et le prieuré seuls furent conservés. C'est une bien triste et bien sanglante page dans les annales d'Arques que le récit du sort qui fut fait aux malheureux habitants de ce bourg. On ne leur laissa pas même la consolation de pleurer sur les ruines de leurs demeures et d'essayer de les relever. Chassés hors de l'enceinte du village, ils durent fuir dans les vastes forêts du voisinage, n'emportant avec eux que ce qu'ils purent charger sur leurs épaules. Ils eurent un sort aussi triste que celui qui fut fait, d'après Du Mège, le commentateur de Dom Vaissette, aux habitants de Coustaussa. Ce qui le prouve, c'est que dans l'apanage qui fut créé en faveur de Pierre de Voisins figure le droit d'affouage et de forestage dont jouissaient les feudataires d'Arques. Donc, Arques n'existait plus.
Que devinrent les malheureux proscrits forcés d'abandonner leurs maisons en ruine ? L'histoire ne nous le dit pas, mais nous le présumons d'après un évènement des plus dramatiques qui se passa sur la grande place de ce bourg quelques années plus tard.
Olivier de Termes avait fait, en 1247, sa soumission au roi de France et s'était dessaisi en faveur de son souverain de tout ce qu'il possédait dans le pays de Rhedae. à l'exception de deux ou trois petits villages. Tout ce vaste territoire fut ajouté au riche apanage que possédait déjà Pierre de Voisins, et celui-ci fut ainsi dédommagé de l'abandon des droits seigneuriaux qu'il avait sur la ville de Limoux.
Nommé aux fonctions de sénéchal de Carcassonne et investi du droit de haute et de basse justice sur son vaste domaine, Pierre de Voisins se rendit, en 1265, sur les terres de sa seigneurie pour exercer des poursuites contre ceux de ses vassaux dont il avait à se plaindre. Voici, d'après Dom Vaissette, le récit d'une sentence qu'il rendit à Arques contre une femme accusée de sorcellerie.
«Anno domini 1265, Petrus de Vicinis, miles comitatus cum suis assessoribus totam suam senescaliam visitavit et multos sortilegos et sortilegas ultimo supplicio multavit, inter quos fuit una foemina quoe dicebatur An gela, loco de Labartha aetatis 60.
" L'an du seigneur 1265, Pierre de Voisins chevalier comte visita toute sa sénéchaussée avec ses assesseurs, et punit du dernier supplice plusieurs sorciers et sorcières, et parmi celles-ci une femme qui s'appelait Angèle du lieu de Labarthe, âgée de 60 ans".
La malheureuse Angèle fut brûlée vive sur la place d'Arques, car la métairie de Labarthe où elle résidait est située à une petite distance de cette commune. On se demande quel était le crime de ces pauvres gens accusés de sorcellerie et condamnés au bûcher. Le roi Saint-Louis douta de leur culpabilité; car en apprenant ces exécutions, il ordonna à son sénéchal de ne plus avoir à connaître de ces sortes d'accusations, réservant à ses officiers de la justice royale la poursuite des crimes de sorcellerie. Pierre de Voisins, le grand justicier, avait voulu, par un acte de cruauté, frapper un grand coup et essayer de rétablir le calme sur les terres de sa baronnie.
Les anciens habitants d'Arques, et peut-être avec eux d'autres proscrits, erraient sans asile et sans pain dans les vastes forêts qui couvraient les Corbières. Souvent, pendant les nuits sombres, de feux s'allumaient sur le Cardou et sur d'autres pics dominant les montagnes. Les sons lents et lugubres de la conque marine et du cornet à bouquin retentissaient au fond des vallées. C'étaient autant de signaux et autant d'appels réitérés. Et alors, à travers les sentiers perdus, des groupes compactes arrivant de tous les points de l'horizon se réunissaient sur une de ces grandes landes qui couronnent les hauteurs voisines d'Arques. Une foule immense stationnait sur ce point pendant de longues heures, écoutant tantôt les incantations d'un fanatique, tantôt les prédictions d'une femme illuminée qui, comme la sibylle antique, récitait ses oracles. On maudissait les vainqueurs, les francimans ; on se lamentait sur les ruines qui couvraient le sol ; on pleurait le village détruit et la cabane incendiée.
Au lieu de prendre en pitié ces parias, ces misérables vivant comme des fauves et devenus presque sauvages, Pierre de Voisins voulut les dompter par la terreur comme il les avait déjà vaincus par le fer et par le feu. Et c'est ainsi que des exécutions sanglantes décimèrent cette population désespérée. Le souvenir de ces scènes terribles s'est perpétué dans la contrée sous la forme de la légende rhythmée. Si on interroge les vieillards, on entend réciter l'antique complainte, Le Roman, alternant ses strophes sans nombre, les unes en langue française, les autres en langue romane, comme une méloppée des temps d'Homère.
Après la mort de Pierre de Voisins ses domaines furent partagés entre ses quatre fils. Le troisième d'entre eux, Egidius de Vicini ( Gilles de Voisins), eut pour son lot la baronnie d'Arques et Couiza. Après avoir abandonné le manoir seigneurial de Couiza que son père avait fait bâtir à côté du moulin et qui était situé à l'extrémité de ses terres, il fixa sa résidence à Arques qui se trouvait au centre de son domaine. L'ancien prieuré devint sa demeure, grâce à quelques travaux d'appropriation dont il reste encore des traces sur le côtè ouest de la place. Son premier soin fût de faire reconstruire le village tel qu'il se trouve de nos jours avec sa magnifique rue que bien des villes pourraient lui envier. Puis il mit tout en oeuvre pour y attirer de nouveau les anciens habitants et faire oublier le souvenir odieux de son père. Il donna en emphytéose des maisons et des terres. Il concéda à ses vassaux des droits d?affouage et de forestage plus amples que ceux qu'avait accordés le seigneur de Termes. Il y ajouta le droit de couper dans ses forêts des arbres pour réparer les maisons, comme aussi pour faire des instruments aratoires et des ustensiles de ménage.
La preuver que le village d'Arques a bien été détruit et à cette époque, se trouve dans le préambule de l'acte de création et de confirmation des droits consentis en faveur des habitants par Gilles de Voisins. En voici le texte :
Cum nova fuit bastida oedificata, ego Egidius de Vicinis...
Quand la pouvelle bastide a été bâtie, moi Gilles de Voisins... On appela bastides au XIIIe siècle les villages et bourgs qui furent reconstruits en grand nombre