Au commencement du XIIe siècle, un grand changement s'opéra dans les destinées du village d'Arques. Le vicomte Bernard Aton, qui possédait divers châteaux et villages dans le Razès à titre de fiefs, dépendant de l'abbaye de Lagrasse, devait, en sa qualité de feudataire, rendre foi et hommage au nouvel abbé appelé Léon, qui avait succédé, en 1110, à l'abbé Robert. Le vicomte n'essaya pas de s'affranchir de cet acte de reconnaissance, qui était obligatoire pour les comtes de Razés, vis-à-vis de tout abbé entrant en fonctions. Mais là ne se bornait pas cet acte de soumission. Après avoir fait leur visite au grand dignitaire crossé et mitré dans la salle d'honneur de l'abbaye, les comtes de Razés étaient tenus, quand le nouvel abbé faisait son entrée dans la cité de Carcassonne, de lui tenir l'étrier, de lui faire escorte et de le défrayer pendant son séjour dans cette ville et de défrayer aussi les deux cents chevaliers qui formaient sa suite.
D'un autre côté, Bernard Aton chercha, à la même époque, à se rendre favorable le comte de Foix, en renonçant à l'hommage que celui-ci devait lui rendre pour diverses terres du Razés. Cet hommage consistait en la remise de trois chevaliers, cum tres eminas de civada, ce qui signifie, en langue romane, avec trois hémines d'avoine. L'hémine, usitée encore dans les Corbières, équivaut à quarante litres.
Bernard Aton pensait ainsi se créer des alliés dans la lutte qu'il allait avoir à soutenir contre plusieurs seigneurs du Carcassez et du Razés. Mais il fut trompé dans ses prévisions, car l'abbé de Lagrasse et le comte de Foix soutinrent les nobles rebelles.
Parmi ceux-ci figuraient plusieurs barons du Razés que nous allons citer. C'étaient les seigneurs d?Arques, de Latour, de Caramany, de Puylaurens, de Roquefort, de Rebenty ou Able, de Pech St-Hilaire, de Pieussan, de Blanchefort, de Caderone, de Bezu, de Montazels, de Soulatge, de Tournebouix, de Cassaignes. Quand Bernard Aton eut vaincu les révoltés et fut devenu le maître de la situation, il obtint la soumission du plus grand nombre de ces nobles et il confisqua les terres de ceux qui continuaient la lutte. Le châtelain d'Arques fut dépouillé de son domaine qui fut inféodé au seigneur de Termes. Or, ce que la maison de Termes tenait, elle le gardait bien. Après s'être ainsi vengé du baron d'Arques, Bernard Aton chercha aussi à se venger de l'abbé de Lagrasse qui avait, paraît-il, encouragé la révolte. Il enleva à l'abbaye l'église et le prieuré d?Arques ainsi que les terres qui en dépendaient. Dans un testament en date de 1118 et qui est déposé aux archives de la ville de Montpellier, il inscrivit la disposition suivante :
Ego... cancedo et dimitto domino deo et sancto Roberto de casa dei... quidquid habeo vel habere debeo il villa quoe dicitur Archas, et ecclesiam ejus villae Et proecipio ut Rolgerius filius meus deliberet istam ecclesiam totam monachis domus dei ut habeant eam liberam... castellum novum quid cognosminatur Arri actum est hoc testamentum Anno 1118, regnante Ludovico VI, rege francorum.
"Je cède et abandonne au seigneur Dieu et à Saint-Robert de la Chaise-Dieu tout ce que je possède et dois posséder dans le bourg qui est appelé Arques, ainsi que l'église du bourg. Et j'ordonne que Roger, mon fils, délivre cette église tout entière aux moines de la Chaise-Dieu pour qu'ils la possèdent libre. A château neuf appelé d'Arry a été fait ce testament, l'an 1118, régnant Louis VI, roi des Francs."
Cette donation, qui est mentionnée dans la vie de Saint-Robert, produisit son effet, et le monastère de la Chaise-Dieu posséda l'église d'Arques.
Grâce aux libéralités de Bernard Aton dont il était devenu le fidèle allié, Guillaume de Termes avait considérablement agrandi son domaine. Ses possessions s'étendaient jusqu'aux bords de l'Aude. Par un acte de 1154, il rendit hommage à Raymond Trencavel, successeur de Bernard Aton, pour le bourg d'Arques et huit autres villages qui composaient son nouveau fief. Dès cette époque Arques ne fut plus une villaria, un village ; on l'appela castrum, bourg fortifié, car il fut entouré d'une ligne de fortifications comme Couiza.
Guillaume de Termes était mort en 1163. Ses trois enfants ; Raymond. Guillaume et Rithivinde, épouse de Bernard de Montesquieu, ne purent se mettre d'accord pour le partage de sa succession. Ils s'adressèrent au vicomte Raymond Trencavel qui prononça une sentence dans laquelle il est dit que les deux frères possèderont, chacun pour une moitié, le château d'Arques.