Comme bien d'autres manoirs le château d'Arques fut en but aux attaques armées des religionnaires, vers 1575. Les compagnies qui parcouraient les Corbières et qui y exercèrent tant de ravages se ruèrent, surtout, avec fureur sur tout ce qui appartenait au domaine de Guillaume de Joyeuse qui était le chef de l'armée catholique. C'est à cette époque que le château d'Arques fut presque entièrement détruit. Seul le donjon résista aux attaques des soldats des capitaines Rascles et Castelrens. Les Joyeuse, les Rébé, les Du Poulpry qui ont tour à tour possédé la seigneurie de Couiza et Arques ne songèrent jamais à faire de ce donjon un lieu de résidence; car ce n'était qu'un fort, un poste militaire sans importance et sans utilité. Ils conservèrent seulement, après l'avoir restaurée, l'aile qui s'étendait du côté du midi et qui servait de résidence aux agents du seigneur.

Pendant la Révolution, le domaine seigneurial d'Arques fut vendu comme bien national. Les parties de ce château qui étaient conservées subirent le même sort et passèrent entre les mains de trois ou quatre habitants de la commune qui en approprièrent une partie pour leur usage personnel et démolirent le reste, du moins en grande partie. Le donjon seul ne fut pas aliéné par le Domaine, et il est toujours demeuré depuis lors au pouvoir de l'Etat.

Le bourg d'Arques fut érigé en chef-lieu de canton dans les premières années de la révolution. Mais, par suite d'une nouvelle organisation, le chef-lieu fut transféré peu de temps après à Couiza.